Rupert Wingfield-Hayes, phóng viên thường trú tại Moskva của đài BBC tường thuật là Estemirova đã dấn thân vào "việc làm rất quan trọng và nguy hiểm", điều tra hàng trăm trường hợp được cho là bắt cóc, tra tấn và giết chết mà không đưa ra tòa án xét xử bởi quân đội của chính phủ Nga hoặc bởi lực lượng bán quân sự ở Chechnya.[8]

Tổng thống Nga Dmitri Medvedev đã bày tỏ sự "phẫn nộ" về vụ giết người này và ra lệnh làm một cuộc điều tra ở cấp cao nhất.[8] Phát biểu ở Đức trong thời điểm tang lễ của Estemirova, ông đã tỏ lòng kính trọng người quá cố và hứa sẽ cho mở một cuộc điều tra kỹ lưỡng. Ông nói đối với ông thì vụ giết Estemirova rõ ràng có liên quan tới việc làm chuyên nghiệp của bà.[2]

Hội Memorial gọi vụ giết người này là "sự hành quyết ngoài pháp luật" (extrajudicial execution) do các đội quân giết người được chính phủ hậu thuẫn.[15] Chủ tịch hội Memorial Oleg Orlov nói rằng Ramzan Kadyrov đã đe dọa Natalya và rằng tổng thống Nga Medvedev bằng lòng cho Kadyrov làm tên sát nhân. Orlov nói trong một tuyên bố: "Tôi biết, tôi biết chắc ai có tội trong vụ giết Natalya Estemirova, tất cả chúng ta đều biết hắn. Tên hắn là Ramzan Kadyrov".[16][17] Theo Orlov, ngay trước khi giết, Kadyrov đã công khai đe dọa bà khi nói: "Vâng, các bàn tay lên đến khuỷu tay của tôi ngập trong máu. Và tôi không xấu hổ về điều đó. Tôi đã giết chết và sẽ giết những kẻ xấu xa".[18] Kadyrov đã phủ nhận là không dính líu gì tới vụ giết người này và hứa là sẽ đích thân điều tra vụ việc. Ông ta lên án các kẻ giết người, nói rằng chúng "sẽ bị trừng phạt như những kẻ tội phạm tàn ác nhất".[2] Sau đó có tin là đáp lại sự cáo buộc của Orlov, Kadyrov sẽ kiện tổ chức nhân quyền này về tội phỉ báng, và sẽ nhắm đích danh Orlov trong đơn kiện.[19] Nurdi Nukhazhiyev, viên chức thanh tra những cáo buộc vi phạm nhân quyền của Chechnya, gọi lời cáo buộc của Orlov là "vô căn cứ và lố bịch".[15]

Trong cuộc phỏng vấn trên tờ Russia Today tháng 1 năm 2010 Ramzan Kadyrov đã cáo buộc Berezovsky tội giết Estemirova. Mặc dù bày tỏ sự tin tưởng rằng tội ác này sẽ được giải quyết, tuy nhiên ông thừa nhận rằng cho đến nay nó vẫn chưa được làm sáng tỏ.[20]:

Đáp lại lời cáo buộc, Medvedev nói rằng việc chọn thời gian phạm tội, một ngày trước khi chuyến đi của ông tới Đức để hội đàm với thủ tướng Angela Merkel, là một hành động khiêu khích nhằm tạo ra "những lý thuyết nguyên thủy nhất và những điều khó chịu nhất cho nhà nước".[15] Merkel nói bà đã bày tỏ sự "phẫn nộ" của mình về vụ giết người này trong cuộc hội đàm với Medvedev "và nói rõ là phải làm mọi sự để giải quyết tội giết người này".

Tổng Thư ký Liên Hiệp Quốc Ban Ki-Moon nói rằng mình "kinh hoàng và buồn" về vụ giết Estemirova. Phát ngôn viên Marie Okabe của Liên Hiệp Quốc nói rằng Ban Ki-Moon "thúc giục các nhà chức trách Nga tiến hành một điều tra kỹ lưỡng và công bằng nhằm mang các thủ phạm vụ giết người tàn ác này ra trước công lý, và làm như vậy, để đưa ra một thông điệp mạnh mẽ rõ ràng rằng việc nhắm mục tiêu vào những nhà hoạt động nhân quyền sẽ không được dung thứ".[21] Joseph Daul, chủ tịch nhóm EPP (Nhóm đảng Nhân dân châu Âu) trong Nghị viện châu Âu đã lên án các thủ phạm giết người và kều gọi tiến hành cuộc điều tra để đưa các thủ phạm ra tòa án xét xử.[22]